การจำแนกประเภทหลักของยาปฏิชีวนะ

ตามโครงสร้างทางเคมี ยาปฏิชีวนะสามารถแบ่งออกเป็น: ยาปฏิชีวนะ quinolone - ยาปฏิชีวนะ Lactam, macrolides, ยาปฏิชีวนะ aminoglycoside เป็นต้น

ตามการใช้ยาปฏิชีวนะสามารถแบ่งออกเป็นยาปฏิชีวนะต้านเชื้อแบคทีเรีย, ยาปฏิชีวนะต้านเชื้อรา, ยาปฏิชีวนะต้านเนื้องอก, ยาปฏิชีวนะต้านไวรัส, ยาปฏิชีวนะปศุสัตว์, ยาปฏิชีวนะทางการเกษตรและยาจุลินทรีย์อื่น ๆ (เช่นอัลคาลอยด์ ergot ที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาที่ผลิตโดย ergot ซึ่งมีผล บีบรัดตัวของมดลูก)

ตามประเภทต่างๆ ของยาปฏิชีวนะ มีหลายวิธีในการผลิตยาปฏิชีวนะ เช่น การสังเคราะห์เพนิซิลลินโดยการหมักจุลินทรีย์ ซัลโฟนาไมด์ ควิโนโลน เป็นต้น ซึ่งผลิตได้โดยการสังเคราะห์ทางเคมี นอกจากนี้ยังมียาปฏิชีวนะกึ่งสังเคราะห์ ซึ่งเป็นอนุพันธ์ของยาปฏิชีวนะที่ได้จากการสังเคราะห์ทางชีวภาพด้วยวิธีการทางเคมี ทางชีววิทยา หรือทางชีวเคมี